免疫共沉淀Co-IP是研究蛋白間相互作用的經典方法,其以抗體和抗原間的專一性作用為基礎,通過偶聯beads的Protein A/G與A蛋白及抗體復合物結合,進而將潛在的與A蛋白互作的B蛋白也沉淀下來。一般后續再對拿到的免疫復合物進行WB分析驗證。
免疫共沉淀Co-IP本身的操作流程并不復雜,麻煩的是相關的操作步驟需要根據實驗實際情況進行優化。辛辛苦苦忙活了好一陣子,你拿到的Co-IP結果很可能是這樣的。
免疫共沉淀Co-IP的高背景和抗體污染(IgG交叉反應)問題相當令人頭疼,以下是小愛整理給到您的優化建議:
1)針對非特異性作用的高背景
細胞裂解物中存在大量蛋白質,可能會在操作過程中發生與目標復合物的非特異性結合。這些非特異性相互作用一般通過*清洗beads結合的免疫復合物來清除,但也可以應用其他策略來優化非特異性結合,例如:
▲ 通過將鹽濃度從120mM滴定至1000mM來改變緩沖液的離子強度;
▲ 減少一抗的使用量,直到信號干擾比;
▲ 參考我們推薦的操作步驟,進行細胞裂解物預清除。
2)針對抗體污染(IgG交叉反應)
免疫共沉淀Co-IP抗體污染問題是在WB分析中來自IP抗體IgG條帶的干擾(IP抗體與WB抗體同源時發生),IgG的輕重鏈在25kD和50kD左右,并且在SDS-PAGE中可能會有<5kD的偏移。針對這種情況可以采用以下幾種方法進行優化:
▲ IP和WB采用不同來源抗體,IP為鼠源則WB可以選用兔抗;
▲ 采用特異性識別IgG輕鏈或者重鏈的二抗,如目的蛋白與IgG輕鏈接近、則可采用重鏈二抗;
▲ 運用交聯劑將IP抗體和Protein A/G -Beads交聯,通過添加不含巰基乙醇的加樣緩沖液處理目的蛋白-抗體- Protein A/G-beads復合物,后離心去除復合物,上清中只留下目的蛋白;
▲ WB分析前,可以考慮采用低pH洗脫來代替煮沸,低pH值(2-3)可以降低抗原/抗體相互作用、從而將抗原和抗體分離(如1M甘氨酸緩沖液,pH 2-3),注意電泳前需平衡pH;
▲ 將常用的融合標簽(如GFP)摻入用于Co-IP主要靶蛋白中,選用優質特異性的抗融合標簽抗體,有需要時還可將該抗體預固定以用于蛋白復合物純化。
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